2009年7月13日由区政府与中科院广州生物院正式签订共建协议，于2009年9月正式启动中国科学院南海生物医药科技产业中心（以下简称“产业中心”）建设工作。一个地区发展一个新兴产业，建设一个新兴产业园区，需要长远的规划和积累，更需要政府长时间的扶持、培育和孵化。南海生物医药产业园的建设也正是从产业中心开始。产业中心正是起到孵化器的功能。

产业中心为第一批进驻孵化中心的28个孵化项目搭建了孵化场地、公用仪器中心、食堂、宿舍、办公室、会议室等。经过一年多时间的孵化，已经有部分项目成果达到批量产业化的要求，可以进驻产业化基地开展批量生产。

目前已为二期项目收集了一批有意进驻产业化基地的中小型制药企业、保健品和医疗器械生产厂家。广东省医学实验动物中心扩建项目、国家北京药物安全评价研究中心南方分中心也与产业中心初步达成了合作意向。